Dựng lên câu chuyện về Phụng thần, mà khởi đầu là bài sấm truyền nửa thực nửa hư, như để ngụy biện cho một triều đình chúa Nguyễn đã chẳng còn nắm quyền lực thực sự, Tây Sơn phụng thần ký khắc họa cuộc đời của nữ tướng Bùi Thị Xuân từ khi còn nhỏ tới thời kì danh tiếng nữ tướng mà chỉ nghe đến thôi đã khiến giặc trong ngoài đều kinh hồn bạt vía với chiến thắng trận Ngọc Hồi – Đống Đa, cũng là trận đánh mang hào khí cực thịnh của vua Quang Trung – Nguyễn Huệ, của triều đại uy mãnh Tây Sơn. Song song với đó là quãng dài binh biến của đất nước với các thế lực lớn bé giằng xé nhau, những tham vọng chính trị, quyền vua, thế chúa trong suốt hơn ba mươi năm.